Areál jatek byl od počátku provozu rozdělen na dva hlavní části. Západní část areálu přiléhající k Jeronýmově (dnes Argentinské) ulici sloužila jako tržní oddíl. Dobytek sem byl dopravován většinou po železnici. Menší budovy v této části při bubenském nábřeží sloužily jako chlévy pro hovězí dobytek. Fungovala zde dvě tržiště pro hovězí dobytek – jedno kryté s kapacitou až 600 zvířat, druhé otevřené, kam se vešlo až 800 kusů dobytka, zpravidla importovaného z Uher nebo Haliče. Tržiště mělo rozlohu přes 3300 m², instalována zde byla masivní zábradlí, ke kterým bylo možno přivázat až 1600 zvířat. Kupující tak měl možnost si nabízený dobytek důkladně prohlédnout. Dnes populární hala č. 22 se zeleninovým trhem byla původně tržnicí vepřového a drobného dobytka, v jednu chvíli zde mohly na svůj osud čekat až tři tisícovky vepřů, skopců nebo telat. Za touto budovou podél Jateční ulice stávaly ještě chlévy pro vepřový dobytek se zvláštním oddělením, tzv. pohodnicí, kam byly soustřeďovány zdechliny, zkonfiskované a závadné maso, jež bylo posléze odvezeno z areálu k likvidaci. U každého ze zdejších objektů byla váha, každé zvíře, které se sem dostalo, bylo kromě zvážení veterinárně prohlédnuto a opatřeno vlastním průvodním listem. Drtivá většina živých zvířat nabízených zde k prodeji byla po prodeji ihned poražena. V jihozápadním rohu této části jatek před železniční rampou stála malá budova přístupná z Argentinské ulice, kde se veřejnosti nabízely produkty z tzv. nuceného výseku. Jednalo se o méněcenné maso, lůj, sádlo apod.
Budovy stojící v ose hlavního vchodu z Bubenského nábřeží symbolicky oddělují tržní a jateční část areálu. V poměrně výstavní jednopatrové budově nazývané „burza“ sídlila od roku 1922 Dobytčí a masná pokladna, jejímž prostřednictvím se uskutečňovaly veškeré platby za nákup či prodej a služby v areálu jatek. Poskytovala také úvěry řezníkům a chovatelům dobytka. Kanceláře zde měla i filiálka Řeznicko-uzenářské banky. V budově burzy byla i restaurace a byt jejího provozovatele. Hned vedle, téměř ve středu celého areálu, stála dvoupatrová administrativní budova, odkud byl řízen provoz jatek. Kromě toho se zde nacházely kanceláře výběrny poplatků z trhu i jatek a platila se zde i potravní daň. Několik kanceláří tu obsadila finanční stráž, sídlila zde účtárna a několik velkoobchodníků s masem. V objektu také bydlel vrchní zvěrolékař. Mezi burzou a administrativní budovou nechali zaměstnanci jatek vztyčit pomník svým kolegům, kteří zahynuli v bojích první světové války. Za administrativní budovou se nacházelo ještě několik menších objektů – byt dohlížitele a skladiště s velkými vraty, kterými se hnal vepřový dobytek z trhu na porážku.
Cesta na smrt
Další částí areálu zabírající téměř dvě třetiny jeho plochy byla porážka – tedy místo, kde se zvířata zabíjela a kde se zpracovávalo jejich maso. Největším objektem z celých jatek byla vepřová porážka v hale, kde dnes sídlí velký prodejce elektroniky. Budova o délce 230 metrů a šířce 50 metrů byla rozdělena na čtyři oddělení. V prvé řadě to byly chlévy, kde bylo možno soustředit až šest tisíc prasat. Hned za chlévy byly tzv. zabiječky – kóje, ve kterých byly vepři po desíti až dvaceti kusech omráčeni a zabiti. Mrtvá zvířata poté „cestovala“ do střední části porážky, tzv. pařírny. Po spaření a vyvrhnutí se rozporcované maso transportovalo do další části porážky – do masných komor, kde vychladlo. Vnitřnosti a další využitelné části byly zpracovávány v dalších částech jatek.
Poeticky a zároveň trochu morbidně popisuje porážku bagounů (uherských vepřů) v holešovických jatkách časopis Pestré květy z roku 1929: „Ale bagouni jsou jako všichni tlustí tvorové nenapravitelnými optimisty a dívají se na svět růžovými barvami. Ale běda! Růžová skla jsou rozbita a udivená prasata zírají tváří v tvář kruté skutečnosti. Skutečností tou je šestičlenná parta pařičů, v jejichž ruce je vepř vydán, aby byl veden na smrt. Nevedou ho na černě potažené popravní lešení za doprovodu vířících bubnů. Zaženou ho ještě s jinými druhy do malé místnosti, do níž vniká z vedlejších prostor pach páry a krve. Prasata jsou bezradná a kupí se v klubku. Přijde popravčí, obvykle nejstarší a nejzkušenější pařič, rozežene je botou a pak ráz naráz tluče kyjem, na konci okovaným, překvapené tvory přes rypáky. Čuníci klesají bez hlesu a jenom jejich zadní nožky s sebou křečovitě škubají. Na to jsou vytažena, obvykle po pěti šesti kusech, do vedlejší místností, kde jsou zapíchnuta.“
Kromě vyjmenovaných sekcí byla v objektu vepřové porážky ještě oddělená porážka pro závadné kusy a bakteriologická laboratoř. Představu o ruchu ve vepřové porážce poskytují počty poražených zvířat – v roce 1904 zde bylo zabito a zpracováno 347 311 vepřů, o čtvrt století později už jejich počet přesáhl půl milionu.
V sousední hale byly zřízeny tržnice masa, kde se velkoobchodníkům a řezníkům prodávaly jateční produkty. Tato část byla významně rozšířena v roce 1929, tzv. nová tržnice masa byla na rozdíl od staré podsklepená a fungovalo zde chlazení – ve dvou takzvaných předchladírnách byla pomocí čpavkového chladicího zařízení udržována teplota v rozmezí 6–8 ˚C, v chladírně pak těsně nad nulou. Prostory umožňovaly skladovat delší dobu až 300 tun masa. Další (etážová) chladírna – samostatně stojící budova byla ve dvacátých letech postavena nedaleko v další řadě objektů směrem k Bubenskému nábřeží. U hlavní jateční třídy pak stála budova porážky drobného dobytka (skopové a telata). Kromě ní zde byla dílna a kotelna a architektonicky zajímavá věžička zdejší vodárny. Celý areál byl napojen na běžnou vodovodní síť,
ale využívala se zde i voda z místního vrtu. Její rozvádění po jatkách se dělo z nádrže o objemu 100 m³ umístěné ve věži. Trochu stranou, na úrovni věže vodárny, stojí
při ulici Komunardů objekt, který byl dostavěn v roce 1930 a sloužil jako sklad kůží.
Oběť svého povolání
V další řadě jatečních objektů (kde dnes sídlí například Trafo Gallery) byla umístěna hovězí porážka. Středem budovy procházela široká chodba, podél níž byly umístěny boxy, ve kterých se porážel hovězí dobytek. Zvířata byla usmrcena pomocí střelné zbraně podobné malému hmoždíři, který se přiložil na čelo a mírné klepnutí pomocí speciálního kladívka pak způsobilo zvířeti okamžitou smrt. Jak se dál postupovalo, popisuje almanach k 35 letům fungování podniku: „Jakmile dobytče nejeví známky života, počnou poražeči stahovati s něho na zemi kůži od nohou a hlavy, hlavu odseknou, otevřou břišní dutinu a vykolí vnitřnosti. Pak dobytče vytáhnou jeřábem do výše, kůži stáhnou úplně, vyjmou játra, otevřou dutinu hrudní a odstraní plíce se srdcem. Na to odseknou obě přední čtvrtě, kdežto zadek nechají v celku a maso odnesou do komor, resp. odvezou po visuté dráze do předchladírny.“ Hovězí porážka byla podstatně menší než hala, kde se zabíjeli a zpracovávali vepři. Není divu – poměr počtu zabitého hovězího dobytka vůči vepřům býval zhruba jedna ku deseti.
Vedle hovězí porážky stála budova dršťkárny a střevárny – její název vypovídá vše o jejím účelu. Poslední velkou halou v areálu jatek byly chlévy pro hovězí dobytek, dnes je v objektu vykřičený dům.
Velice důležitou součástí a jedním z hlavních důvodů, proč byly centrální jatky zřízeny, bylo zlepšení hygienických podmínek při zpracovávání masa. V roce 1912 zde působilo celkem 11 zvěrolékařů, kteří prováděli nepřetržitou kontrolu dováženého dobytka i produktů odcházejících z jatek. Zdejší veterináři se ale věnovali i vědecko-výzkumné činnosti. Jeden z nich, předseda Spolku českých zvěrolékařů, publicista a veterinář Matěj Prettner, zde na počátku 20. století prováděl výzkum, který měl za cíl objevit sérum proti tehdy vcelku častému smrtelnému bakteriálnímu onemocnění kopytníků – vozhřivce. Sám se ovšem nemocí nakazil a v roce 1907 jí ve věku osmatřiceti let také podlehl.
Již v roce 1930, kdy správa jatek vydala citovanou brožuru připomínající 35. výročí jejich otevření, se hovořilo o nutnosti přesunout provoz z tehdy již hustě obydlených Holešovic na periferii Prahy. Uvažovalo se o novém umístění v Čakovicích nebo Malešicích (první plán na umístění nových jatek právě sem byl vypracován
už v roce 1924). Do prvně jmenované okrajové části hlavního města se centrální porážka zvířat nakonec skutečně přesunula. Došlo k tomu však až o více než půl století později na počátku osmdesátých let 20. století a tím také skončila devadesátiletá éra holešovických jatek.
Usmrcování hovězího dobytka pomocí střílecího přístroje